Kirkolliskokousedustajat kävivät vilkasta keskustelua seurakuntarakenteiden kehittämisen päälinjoista hallintovaliokunnan mietinnön pohjalta keskiviikkoiltana 15.5.2013. Kaikkiaan 45 edustajaa käytti puheenvuoron. Kirkolliskokous päätti uudistaa kirkon hallintoa pääsääntöisesti kirkkohallituksen esityksessä ehdotetulla tavalla.

. Muutamien päälinjausten kohdalla tehtiin kuitenkin muutoksia alkuperäiseen esitykseen.

Äänestyksen jälkeen hallintovaliokunnan esitys, jonka mukaan kaikki seurakunnat kuuluvat  jatkossa yhtymään, voitti äänin 57-48. Vastaehdotuksen teki edustaja Peter Lindbäck. Hän ehdotti, että aiottu lainsääntö rakenneuudistuksesta mahdollistaisi edelleen yksittäisen itsenäisen seurakunnan, joka on taloudellisesti kannattava ja suuruudeltaan vähintään yhden kunnan kokoinen.

Kirkolliskokousedustajat tekivät yhteensä viisi muutosehdotusta hallintovaliokunnan ehdotukseen, joka koski seurakunnan johtamisjärjestelmää. Äänestyksessä päädyttiin äänin 80-26 edustaja Pertti Rajalan esitykseen, jonka mukaan yhtymän hallintoa kevennetään, mutta yhteistä kirkkoneuvostoa ei lakkauteta.

Vastaehdotuksena oli hallintovaliokunnan ehdotus, että yhteinen kirkkoneuvosto korvataan johtoryhmällä.

Yhtymärovastin tehtävistä äänestettiin. Edustaja Aulikki Mäkisen ehdotus johtamisjärjestelmän pysymisestä seurakunnassa ennallaan hyväksyttiin äänin 62-39.  Yhtymärovasti vastaa yhtymän hengellisestä johtamisesta, yhteisten työmuotojen johtamisesta sekä edustaa yhtymää ulospäin. Tuomiokapituli määrää tehtävään jonkun yhtymän seurakuntien kirkkoherroista. Yhtymärovasti toimii yhtymän talouden ja hallinnon johtavan viranhaltijan esimiehenä.

Seurakunnan jäsenen mahdollisuutta kuulua seurakuntayhtymän sisällä muuhun kuin asuinkuntaan tutkitaan. Tämä olisi mahdollista tietyissä erityistapauksissa.

Kirkolliskokous äänesti myös seurakuntaneuvoston puheenjohtajasta. Seurakuntaneuvoston puheenjohtajan ja jäsenen tulee olla vaaleilla valittuja luottamushenkilöitä. Näihin tehtäviin ei tule valita ketään virka-aseman perusteella. Pirjo Ala-Kapeen esitys hyväksyttiin äänin 61-43.
Piispainkokous antaa kirkkohallitukselle lausunnon kirkolliskokouksen päättämistä seurakuntarakenteiden kehittämisen päälinjoista.Tämä  Olli-Pekka Silfverhuthin ponsiesitys hyväksyttiin äänin 80-21.

Kirkkohallitus esittää seurakuntarakenteiden kehittämistä ”Seurakuntayhtymä 2015” –mallin  mukaisesti. Malliin on otettu mukaan elementtejä seurakuntien rakennemuutosprosessin ohjausryhmän (2008–2011) loppuraportin rovastikuntamallia koskevista ehdotuksista. Kirkkohallituksen esitys on periaatelinjaus, jonka pohjalta on tarkoitus valmistella tarvittavat kirkkolain, kirkkojärjestyksen ja kirkon vaalijärjestyksen muutokset. Uuden mallin käyttöönoton aikataulussa on suunniteltu noudatettavaksi kunta-uudistuksen aikataulua.